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Apellido, bastante frecuente y repartido por toda España, procedente del nombre bíblico Juan, que lo fue de varios santos, en especial de san Juan Bautista, lo que motivó su gran popularidad entre los primeros cristianos. Hubo distintas casas del apellido Sanjuan (contracción de san Juan), no emparentadas entre sí, en Euskadi, Castilla, Valencia, Catalunya, Andalucía, etc. El nombre Juan proviene del hebreo –Yehojanan-, con el significado es el de “Yahvé es benéfico”. En Catalunya, Valencia y Mallorca se ha venido escribiendo, desde tiempos antiguos, como Santjuan/Santjoan/Sanjuan/Sanjoan, con claro predomino de la forma Santjoan/Sanjoan. En Mallorca, Matías de Santjoan y de Alsina, Caballero del Principado de Catalunya, natural de Alaró de Mallorca, Doctor en Derecho, asistió a las Cortes catalanas de l626 y 1640, y al Parlamento del año 1653, por el Brazo Militar. Antoni Sanjuan Sabi, maestro impresor nacido en 1827, en Barcelona, fue el decano de los impresores de Catalunya. En Valencia hubo casas de Sant Joan, Sanjoan o Sanjuan en Catí (1240), Montcada (1247), Pego (1279-86), Valencia (1306-16), Salzadella (1323), Benicarló (1358-66), Benissa, Guadalest (1381), Forcall (1396), Vila-real (1415), etc. En Aragón, según consta en el censo de hogares de 1495, había veintinueve casas de San Joan, San Juan, etc. En Navarra también es antigua la presencia de familias Sanjuan.
Armas.- El “Repertorio de Blasones de la Comunidad Hispánica” recoge para Sanjuan: En campo de gules, una cruz, de plata.